基础体温在妇科的应用上是不容忽视的，从这些数值及曲线中，帮助女性了解自己内分泌上的变化，往往医师也透过基础体温给予相应的指导及协助监测治疗的效果·

基础体温变化的常见应用:

①观察排卵:当女性月经来到排卵期间，基础体温为低温;排卵之后，基础体温则会转为高温，可以指导行房受孕·
②危险期(易受孕期):一般来说排卵前5天开始到基础体温高温期的前五天，属于危险期(易受孕期)，除月经期、危险期，其他时间则为安全期(不易怀孕期)，但是也会有个别差异若要以安全期避孕，建议双重预防较为妥当·
③提示怀孕:基础体温可以帮助了解是否月经将来潮还是有怀孕可能，若是体温持续高温16天以上未下降，提示怀孕的可能性很大(若是有同房史);否则，一般高温12-16天后见体温下落，那么过不久月经将来潮。
④卵巢功能不好:卵巢功能不好的人，黄体分泌孕酮也会不好，高温期相应缩短，或者排卵后体温呈爬升等，造成月经失调或不容易怀孕、容易流产等·
⑤多裹卵巢综合征:在基础体温上的表现:高温期较短，严重的还可能是经常性低温:此类病患往往容易发胖、长青春痘、毛发浓密、月经经常性不准，甚至影响受孕，现今有好发率上升的趋势，不容忽视。

⑥泌乳素过高:泌乳素高，基础体温的高温期就会缩短或呈爬升，其卵子的质量也较差，所以不容易怀孕或容易流产。

基础体温不好，中医来帮助

一般基础体温常用来观察排卵、黄体内分泌的变化、辅助受孕及监测怀孕期内分泌的稳定性，对于改善月经失调、助孕、防孕、及提示流产先兆的提供简易监测方法，中医可在闻问切的基础上，结合基础体温，可在适当的时期帮助卵泡发育、提高卵子的质量、调经、促孕、安胎，效果已是医家、病家所公认的。